Efter at have patruljeret gaderne i to år som Batman (Robert Pattinson), og skabt frygt for de kriminelle, er Bruce Wayne nået dybt ind i Gothams skyggefulde underverden. Med kun få betroede allierede – Alfred Pennyworth (Andy Serkis) og Løjnant James Gordon (Jeffrey Wright) – blandt byens korrupte netværk af embedsmænd og højt profilerede personer, har den sortklædte selvtægtsmand etableret sig selv som den eneste legemliggørelse af hævn blandt sine medborgere.
Da en seriemorder går efter eliten i Gotham med en række sadistiske mord, dukker nogle kryptiske ledetråde op og sender verdens bedste detektiv på en efterforskning i underverdenen, hvor han vil møde karakterer som Selina Kyle/Catwoman (Zoë Kravitz), Oswald Cobblepot/Pingvinen (Colin Farrell), Carmine Falcone (John Turturro) og Edward Nashton/The Riddler (Paul Dano). Da bevismaterialerne kommer tættere og tættere på, og omfanget af gerningsmandens planer bliver klart, må Batman skabe nye alliancer, afsløre den skyldige og skabe retfærdighed i et Gotham, der længe har været plaget af magtmisbrug og korruption.